Вот тут народ также озаботился этой проблемой, и изготовил решение, правда для оригинального git'а (в данный момент в основном репозитории git'а фикс уже есть, но до msysGit'а еще не дошло).
В итоге для msysGit'а нужно накатить на файл
...\Git\libexec\git-core\git-gui.tclпатч вот такой:
1454,1461c1454 < set ls_others [list --exclude-per-directory=.gitignore] < if {[have_info_exclude]} { < lappend ls_others "--exclude-from=[gitdir info exclude]" < } < set user_exclude [get_config core.excludesfile] < if {$user_exclude ne {} && [file readable $user_exclude]} { < lappend ls_others "--exclude-from=$user_exclude" < } --- > set ls_others [list --exclude-standard]